Archeologická expozice je dokladem širšího regionálního záběru. Představuje nálezy téměř všech archeologických kultur známých na území Čech od paleolitu až po dobu slovanskou z lokalit bývalého kralupského okresu. Tato expozice, bohužel, doplatila na své umístění v suterénu budovy. Byla zcela zaplavena vodou při povodni v srpnu roku 2002 a poté musela být zrušena. Výstavní mobiliář nevydržel několikadenní koupel ve vodní lázni. Expozice byla v rámci odstraňování povodňových škod přemístěna do jiných prostor muzea, obnovena, doplněna a otevřena 15.1. 2004. Na její obnovu se podařilo získat státní dotace od ministerstva kultury a grant od krajského úřadu. Mohla tak vzniknout moderní multimediální expozice s využitím počítače a dataprojektoru.
Zájemce o tento obor zde může strávit několik hodin studiem textů a obrazového i filmového materiálu. Suterén budovy byl poté využit na vybudování „Pravěké dílny“ (otevřena v roce 2005), v níž si mohou návštěvníci vyzkoušet v praxi různé pravěké činnosti (práce na vertikálním tkalcovském stavu, drcení obilí, vrtání otvoru do kamenného sekeromlatu aj.). „Pravěká dílna“ je součástí projektu „POJĎTE S NÁMI DO PRAVĚKU“, který je určen především pro žáky základních a středních škol. Jakoukoliv činnost (individuální i kolektivní) v pravěké dílně je nutné předem domluvit s pracovníky muzea buď mailem nebo telefonicky. Pouhá prohlídka dílny je možná kdykoliv v návštěvní době muzea